PGR21.com
- PGR21 관련된 질문 및 건의는 [건의 게시판]을 이용바랍니다.
- (2013년 3월 이전) 오래된 질문글은 [이전 질문 게시판]에 있습니다.
통합 규정을 준수해 주십시오. (2015.12.25.)
Date 2024/01/09 12:16:04
Name 해바라기
Subject [질문] 파이썬 패키지 구동을 위한 그래픽카드 추천 부탁드립니다.
안녕하세요 피식인 여러분.
저는 R과 파이썬을 가지고 여러 데이터셋들을 다뤄보고 있는 생물정보학 입문자입니다.

제가 돌려보려고 하는 패키지에 GPU가 요구됩니다.
(Run remove-background on the dataset using the following command (leave out the flag --cuda if you are not using a GPU… but you should use a GPU!): (출처: https://cellbender.readthedocs.io/en/latest/usage/index.html)

애초에 살 때 CPU만 높였지 그래픽카드는 안 사서 이제 장착해야 하는데,
가격이 꽤나 부담되네요......
제가 전문적으로 생물정보학을 하지는 않을 것 같은데...

이 패키지에서 요구하는 것은 NVIDIA Testla T4 정도 인것 같습니다.
(Processing the full untrimmed dataset requires a CUDA-enabled GPU (e.g. NVIDIA Testla T4) and takes about 30 minutes to finish.)
가격이 후덜덜하네요...ㅠ

혹시 조금 더 저렴한 형태의 GPU는 없을지... 궁금합니다.
(이 패키지 말고 다른 패키지는 잘 돌아가거든요)

현재 사용 중인 컴퓨터 사양은 이렇습니다.
[AMD] 라이젠9 라파엘 7900X (12코어/24스레드/4.7GHz/쿨러미포함/대리점정품)
[GIGABYTE] B650M AORUS ELITE 제이씨현 (AMD B650/M-ATX)
[삼성전자] 삼성 DDR5 32GB PC5-38400 x 4
[삼성전자] 공식인증 970 EVO Plus series 2TB M.2 NVMe 2TB MZ-V7S2T0BW x 2
[FSP] HYDRO G PRO 850W 80PLUS Gold Full Modular ATX 3.0 (PCIE5) (ATX/850W)
[NZXT] KRAKEN X73 [CPU쿨러]
[SEAGATE] BARRACUDA HDD 8TB ST8000DM004|8TB ST8000DM004 (3.5HDD/ SATA3/ 5400rpm/ 256MB/ SMR+MTC) x 2
[잘만] i3 NEO (미들타워)
[컴퓨존] 수랭쿨러 추가 조립비 (조립PC에 수랭쿨러 탑재 시 필수)

생각하는 예산은... NVIDIA Testla T4 보다는 좀 저렴한 것.... 입니다.

잘 부탁드립니다.
새해 복 많이 받으세요!

통합규정 1.3 이용안내 인용

"Pgr은 '명문화된 삭제규정'이 반드시 필요하지 않은 분을 환영합니다.
법 없이도 사는 사람, 남에게 상처를 주지 않으면서 같이 이야기 나눌 수 있는 분이면 좋겠습니다."
덴드로븀
24/01/09 12:32
수정 아이콘
해당 문서에 보면 cuda 쓰는것 같은데 그냥 예산에 맞는 CUDA 코어가 많은 RTX 버전을 사면 되지 않을까 싶긴 합니다.

T4 cuda코어가 2,560 개로 나오고

80만원대 RTX 4070 cuda코어는 5888개입니다.
해바라기
24/01/09 13:17
수정 아이콘
감사합니다! 참고해서 구매해보겠습니다!
성야무인
24/01/09 12:54
수정 아이콘
정확히 용도가 어떤건가요?

Human Cel인가요? 아니면 Human 제외한 Mammalian Cell인가요

RNA긴 헌데 Plasmid DNA쪽의 transcription RNA인가요?

아니면 chromosomal DNA의 transcription RNA인가요?

그것도 아니면 둘다거나 reverse transcription에 대한 single cell내 RNA를 찾기 위함인가요?

단순히 reverse transcription관련이면 굳이 좋은 그래픽 카드를 살 필요는 없구요.

Single Cell내에 RNA에 대한 모든걸 분석하겠다고 한다면야 좋은 걸 쓰는게 맞겠죠.

그전에 Cellblender랑 NIH BLAST랑 연동해서 쓰실건지요?

전문적이 아니고 분석량이 적으면 지금사양에도 충분하긴 하겠지만

(물론 세포의 종류 및 유래한 세포가 복잡한 구조가 아니라면 또 달라지겠지만)

뭘 하실건지 정확히 방향을 잡고 계시지 않으면 괜시리 돈만 낭비할 수도 있습니다.
해바라기
24/01/09 13:17
수정 아이콘
전문자 분이시라서 역시 질문이 다르네요 덜덜
제 목표는 human/mouse에서 single nucleus RNA-seq 데이터를 가공하는 것입니다.
이미 CellRanger로 annotation된 Feature-Barcode Matrix 파일을 사용할 것이구요. (fastq 파일을 직접 가공하지는 않을 생각입니다)
Raw matrix 파일을 가공할 것이고, 최대 세포(핵) 숫자는 20~30만개 정도가 될 예정입니다.
NIH BLAST랑 연동하거나 DNA 정보를 사용하지는 않을 예정이구요.
완전히 RNA만 볼 예정입니다.
CellBender 패키지가 raw matrix에서 ambient RNA를 잡아주는 패키지인데, 이것만 사용할 생각입니다.
(다시 말해 CellBender 하나 쓰려고 이만한 돈을 투자하기는 아깝다.... 라는게 제 생각인거죠 흑흑)
성야무인
24/01/09 13:57
수정 아이콘
아마 참고가 될지는 모르겠지만

single nucleus RNA-seq의 경우 어떤 상태였느냐에 따라서도 상당부분 달라질 수 있습니다.

일단 sc-RNA의 경우 복제, 분화 그리고 세포외 단순 호르몬 작용에 의한 molecular signaling pathway에 따라서

chromosome puffing에 의해 특정 단백질에 생성에 연계해서

실제 RNA의 expression에 대한 양적 변화 때문에 분석해야 하는 숫자가 달라질 수 있습니다.

만약에 정말 20-30만개 세포의 proliferation factor를 볼려고 RNA를 분석한다면

이게 분석하는 동안 세포 숫자가 늘어날 수도 있어서 마지막에 분석하는 세포의 숫자가 2배 이상도 될 수 있습니다.
덴드로븀
24/01/09 13:20
수정 아이콘
교수님...무서워요...
봉그리
24/01/09 14:47
수정 아이콘
속도만 보면 rtx 3060에게도 50% 느릴 정도로 구형이지만 VRAM 16G는 무시못할 장점이겠네요.
해바라기
24/01/09 21:54
수정 아이콘
감사합니다!
Blooming
24/01/09 16:29
수정 아이콘
Testla T4를 최저예산으로 커버하려면 4060 TI 16GB 정도면 될것 같은데요.
해바라기
24/01/09 21:55
수정 아이콘
감사합니다!
추천해주신 품목을 살 것 같네요. 감사합니다!
BlueTypoon
24/01/09 19:46
수정 아이콘
해당 분야는 모르지만 보통 cuda에서는 속도, 드라이버, vram 영향이 큰데 드라이버는 옛 gpu만 아니면 상관없고 속도도 감수하면 되는데 vram은 부족하면 아예 안돌아갑니다. Vram 사용량 확인이 가능하다면 그 사양으로 견적내면 될 것 같아요.
해바라기
24/01/09 21:55
수정 아이콘
VRAM 잘 체크해서 사보려구합니다.
감사합니다!
여의도더현대
24/01/10 07:35
수정 아이콘
vram만 체크하시면 되요. 부담되시면 colab쓰세요. 저도 후배들에게 무리해서 컴퓨터 맞추지말고 colab잠깐 쓰고 나오라고 얘기합니다. aws쿠폰 있으시면 aws도 쓰시구요 흐흐.. 좋은 논문 쓰시길
여의도더현대
24/01/10 07:36
수정 아이콘
아. 저는 rtx4090 이랑 rtx4070 둘다 가지고 있습니다. (자랑)
목록 삭게로! 맨위로
번호 제목 이름 날짜 조회
174404 [질문] 서울 일식당 추천 부탁드닙니다 [4] 무딜링호흡머신4343 24/01/10 4343
174403 [질문] 컴퓨터 견적좀 봐주세요! [4] 쪼아6244 24/01/10 6244
174402 [질문] 임기제 공무원에 대해? [5] 흰둥6697 24/01/10 6697
174401 [질문] 갤럭시 워치를 선물하려고 합니다. [8] 종말메이커5793 24/01/10 5793
174400 [질문] 새해맞이 다이어트 질문 [9] 쿄우가6068 24/01/10 6068
174399 [질문] 갤럭시탭 G304 사용 가능 여부 [7] allin136679 24/01/10 6679
174398 [질문] 2월에 싱가폴 여행 다녀오려하는데 조언 부탁드립니다. [24] 완성형폭풍저그6967 24/01/10 6967
174397 [질문] 에버랜드 판다 관람시간 알수 있을까요? [4] 학교를 계속 짓자5787 24/01/10 5787
174396 [질문] 노래 하나 찾습니다 [2] 코스운5410 24/01/10 5410
174395 [질문] 해운대와 부산 여행 고수분을 찾습니다 [5] 오호5132 24/01/10 5132
174394 [질문] 전세 계약서 수정 관련 질문입니다. [2] 클레멘티아5756 24/01/10 5756
174393 [질문] 태블릿으로 이북을 많이 보면 시력이 나빠질까요? [6] 목캔디5691 24/01/10 5691
174392 [질문] 4-6월 정도에 도쿄 vs 홋카이도 어디가 좋을까요? [19] 김유라6839 24/01/10 6839
174391 [질문] 게임 구매 추천 부탁드립니다!! [4] 고무고무냥냥펀치5641 24/01/10 5641
174390 [질문] 윈도우11에서 스팀 문명5 실행이 안 됩니다 전자수도승5806 24/01/10 5806
174388 [질문] 네이버영화 사이트를 대신할 만한 사이트가 혹시 있을까요? [7] 보로미어6002 24/01/09 6002
174387 [질문] 01년대 일본 혼성 듀오를 찾고 있습니다. [6] 이니6037 24/01/09 6037
174386 [질문] 네이버 라이브 스트리밍 무한설치현상 겪으시는분 계신가요? [5] lasd2416549 24/01/09 6549
174385 [질문] HP 오멘 16 슬림 u0037TX (SSD 1TB) 어떨까요? [7] TheMoon5870 24/01/09 5870
174384 [질문] [스타1] 아주아주 오래된 영상을 찾고있습니다. 인텔삼성전자배 4대통신 최강전 [2] 그게말이야방구야6064 24/01/09 6064
174383 [질문] 한국의 전세제도는 다른 선진국에서 왜 하지 않나요? [40] 보리야밥먹자8476 24/01/09 8476
174382 [질문] 파이썬 패키지 구동을 위한 그래픽카드 추천 부탁드립니다. [14] 해바라기5974 24/01/09 5974
174381 [질문] 첫 만남에 외모가 끌리지 않다가 두번째에 끌릴 수도 있을까요? [47] 철판닭갈비8524 24/01/09 8524
목록 이전 다음
댓글

+ : 최근 1시간내에 달린 댓글
+ : 최근 2시간내에 달린 댓글
맨 위로